En junio de 1943 se constituyó legalmente el club Deportivo Veracruz, la sede del equipo era el Parque Deportivo Veracruzano. Los Tiburones Rojos, nombre con el que fueron bautizados por Manuel Seyde, cronista deportivo veracruzano de aquella época, se integró en una primera instancia con la fusión de algunos elementos de los equipos Veracruz Sporting Club y España de Veracruz.
El primer gol de la historia de Veracruz lo anotó Manuel Rodríguez Angues. En los primeros años de vida de Veracruz, se luchó por consolidarse en la naciente liga.
En la tercera temporada (1945-1946) de Veracruz en primera división el equipo logró estar 18 partidos invicto (14 ganados y 4 empates, en esta racha tuvieron 8 partidos ganados consecutivamente), anotando 105 goles en 30 partidos. Luis "Pirata" Fuente era el jugador notable de la época, se caracterizaba por su dominio del balón, su visión de juego, su recuperación de esféricos, sus remates de cabeza y su condición física.
El domingo 2 de junio de 1946 en el parque "Asturias" de la ciudad de México los Tiburones vencieron a España por 3 a 2, en la penúltima jornada del campeonato, con goles de José Valdivia, Luis de la Fuente y el "Pelón" González. Se proclamaron campeones y el título de liga salía por primera vez en 26 años de la capital del país.
El torneo del 95 - 96 vio la llegada al puerto de jugadores como Antoio Carlos Santos, Antonio Apud, Niver Arboleda, Halconcito Peña, Isaac Ayipei. En las primeras fechas, Aníbal Ruiz dejaría la dirección técnica a Tomas Boy, que lo colocaría en el sexto lugar de la tabla general, calificándose por primera vez de manera directa a la liguilla. En cuartos de final eliminaría al Atlas por goles de visitante (3-3), para después caer estrepitosamente 6 - 1 global ante el Celaya. Al final de dicho torneo muchos jugadores prefirieron dejar el equipo.
La directiva reforzó al equipo trayendo al equipo al internacional español José Mari Bakero, así como los jugadores base de la selección colombiana, Mendoza, Alvarez y Valenciano.
El torneo Verano 1997 el Veracruz sumó sólo 10 puntos, quedando en último lugar general y con serios problemas de descenso. Para la temporada 1997-1998 se dio la contratación del ex internacional colombiano Rene Higuita. Ya en verano de 1998, una racha de partidos perdidos los llevó directo a la primera "A". Los rivales directos por la lucha del no descenso rebasaron al Veracruz y el equipo pasó a la división de Ascenso por tercera vez en su historia.
Todavía bajo el mando de Televisión Azteca, Veracruz buscó la tarea de regresar lo más pronto posible a la primera división. Para el invierno del 98, se confío dicha misión a Juan Manuel Álvarez que conjuntó un grupo de jugadores de su confianza que lograron el ascenso y una final de primera división años atrás en Celaya. Veracruz tuvo un mal comienzo que propinó la salida de Álvarez, al relevo llegó el Turco Aude, técnico con mucha experiencia en la división de Ascenso que logró amalgamar un equipo que alcanzaría las semifinales pero que sería eliminado por Yucatán.
Para el verano de 1999 Televisión Azteca vende al equipo el cual es administrado temporalmente por Gobierno del Estado y empresarios locales. En los últimos partidos de ese torneo Roberto Matosas tuvo el mando del Veracruz.
Ya bajo la administración del Grupo Femsa, los torneos Verano 2000 e Invierno 2001 vieron a un Veracruz que marcaba diferencias en la división de ascenso. En ambos torneos dirigido por técnicos extranjeros Carlos Trucco en el Verano y Roberto Saporiti. Ganaron muchos partidos, obtuvieron sub-lideratos generales, pero en la liguilla pronto fueron eliminados. Al final de dicho torneo la primera división había acordado expandir de 18 a 20 equipos y el mecanismo para dicho incremento se haría por medio de promoción entre el equipo que descendiera de primera división y el equipo con mayor puntuación en la primera A, en este caso La Piedad, pero como los michoacanos ascendieron al ser campeones el equipo con más puntos era Veracruz.
Así pues, Veracruz y Atlante jugaron una serie de partido de promoción, cabe mencionar que Veracruz jugó dicha promoción con plantel alternativo al que usó en el torneo y con otro director técnico ya que éstos decidieron no regresar a Veracruz por motivos desconocidos. En la ida y ante un estadio a reventar Veracruz y Atlante empatan 0 - 0 y en la vuelta en la ciudad de México los potros derrotan al Veracruz 4 - 1.
El Verano 2001 vio un nuevo cambio de administración, grupo FEMSA propietario del 80% de las acciones del equipo, vende al grupo Pegaso, conocido grupo dueño en aquel momento de los equipos Atlante e Irapuato en primera división y varios más en las divisiones de Ascenso.
Bajo la batuta del argentino Pablo Centrone y con jugadores como Casartelli, Melillo, Gords, Gordillo, Glez China, Vincent, Delgado o López Mondragón, obtuvieron buenos resultados.
Una tragedia enluta a Veracruz y al fútbol nacional, días antes de comenzar el torneo de Clausura 2003 fallece en un accidente automovilístico Samuel Mañez, portero del equipo, sus restos son velados en el estadio.
El torneo comienza con un cuadro con jugadores de experiencia como Martín Rodríguez, Isaac Terrazas, Andy Pérez, Diego Cocca, Damián Grosso y Luis Hernández. Veracruz llega hasta las semifinales donde caen derrotados ante Morelia, bajo la dirección técnica de Daniel Guzmán.
Suma 27 puntos en el apertura 2003 y se queda a uno solo de alcanzar el repechaje, pero el clausura 2004 ocupa el último lugar general. En el Apertura 2004 llega al equipo Cuauhtémoc Blanco, junto con Luna, Quatrocchi, Jiménez, Giménez y Kleber. El gobierno del estado se comprometió en la remodelación del estadio. Con esta inversión el equipo acabó como líder del torneo, pero cayó en los cuartos de final de la liguilla ante Pumas.
Tras varias disputas que aun no acaban, los Tiburones Rojos de Veracruz pasaron a manos del gobierno del estado. Los torneos después de este movimiento han sido malos para el club pues no destacó en ninguno de ellos, tal vez lo más rescatable es la salvación del descenso en el último partido del torneo clausura 2006 que con un golazo del jugador Lucas Ayala logro el empate 1-1 ante Morelia resultado con el cual era imposible descender a la Primera "A".
Para el torneo Apertura 2006 el equipo tuvo una importante renovación de plantel contratando a buenos jugadores como los colombianos Arzuaga y Moreno, tratando de hacer al equipo mucho más competitivo
Torneos Nacionales
Primera división mexicana (2): 1945-1946, 1949-1950.
Primera división 'A' mexicana (1): 2001
Copa (1): 1947-1948